基于转录组的青海茄参CML基因家族鉴定及冷胁迫表达分析

摘要

【目的】鉴定青海茄参（Mandragora chinghaiensis Kuang et A. M. Jl）CML基因家族成员，探究其对冷胁迫的响应。【方法】基于课题组的全长转录组数据，利用生物信息学技术对青海茄参CML基因家族的成员及其蛋白理化性质、系统发育过程、基因结构等进行分析。【结果】在青海茄参中共鉴定出19个CML基因家族成员，亚细胞定位主要在细胞核，含有1～4个EF-hand结构域，二三级结构主要由α-螺旋组成；基序分析发现，McCMLs蛋白含有4个典型的EF手部基序；系统进化树分析显示，McCMLs蛋白被分为3个亚族。冷胁迫表达模式分析表明，McCML基因家族在冷胁迫下差异表达，其中McCML3、McCML7表达量显著上调。【结论】通过对McCML基因家族进行鉴定和分析，筛选出McCML3、McCML7作为青海茄参抗寒候选基因，为后期研究其抗寒分子机制提供理论基础。

关键词

青海茄参 / CML基因家族 / 生物信息学分析 / 冷胁迫 / 表达分析