白菜型油菜AP2基因家族的生物信息学及组织表达分析

摘要

【目的】AP2转录因子家族在植物生长发育中扮演着重要角色，探究AP2基因家族在白菜型油菜中的进化及生物学特征，为解析AP2基因家族功能提供依据。【方法】使用本地Blast和HMMER比对2种方法鉴定白菜型油菜的AP2基因家族成员，并利用生物信息学方法对成员理化性质、基因结构、蛋白质结构、进化关系和顺式元件等进行分析，通过qRT-PCR检测白菜型油菜AP2成员在不同组织的表达量。【结果】在白菜型油菜中共鉴定出24条BrAP2基因分布在9条染色体上，根据进化关系可分为3个分支。BrAP2基因主要位于细胞核中（20个）。BrAP2基因编码的蛋白理化性质区别较大，大部分蛋白都是不稳定蛋白，表现为亲水性。蛋白质二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主。BrAP2基因家族包含生长发育、激素响应和胁迫响应三类顺式作用元件。基因表达模式分析显示BrAP2基因在白菜型油菜不同组织中的表达存在差异，BrAP2-1基因在根、茎、叶和花中表达量均较高，BrAP2-5基因在花中优势表达，BrAP2-22基因在蕾中表达量最高。【结论】通过对白菜型油菜AP2基因家族进行生物信息学分析，为后续深入研究AP2基因家族成员生理生化功能提供理论依据，同时为进一步分析特定AP2基因功能奠定了基础。

关键词

白菜型油菜 / AP2基因家族 / 生物信息学分析 / 基因表达分析