丛生盔形珊瑚转录组微卫星标记的分离和鉴定

卢章旺; 李福宇; 廖婷馨; 李立微; 王嫣

doi:10.15886/j.cnki.hdxbzkb.2024031701

海南大学学报（自然科学版中英文） ›› 2025, Vol. 43 ›› Issue (01) : 25 -32. DOI: 10.15886/j.cnki.hdxbzkb.2024031701

丛生盔形珊瑚转录组微卫星标记的分离和鉴定

卢章旺, 李福宇, 廖婷馨, 李立微, 王嫣

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摘要

丛生盔形珊瑚是中国南海岛礁造礁珊瑚的代表性物种。根据其刺丝囊形态与线粒体基因组CYTB-ND2基因间区插入/缺失（indel）的基因型，丛生盔形珊瑚可分为S和H两种形态型，且二者的遗传和生态表型有明显的分化。本研究通过挖掘丛生盔形珊瑚编码蛋白的转录本序列的微卫星资源，分离和鉴定了11个在两种形态型中均能稳定而均衡扩增的EST-SSR分子标记，并分别在一个S群体（n=16）和一个H群体（n=31）中进行检测和验证。这11个标记均呈现多态性，在S群体，其等位基因数为3～8个（平均4.8±1.9个），观测杂合度（HO）为0.06～0.92 (0.55±0.26），期望杂合度（HE）为0.24～0.83 (0.40±0.27）；在H群体，其等位基因数为2～9个（4.5±2.1），观测杂合度（HO）为0.17～1.00 (0.70±0.15），期望杂合度（HE）为0.46～0.86 (0.62±0.19）。仅一个位点（Gf-E24）因存在无效等位基因，在H群体中偏离哈迪-温伯格平衡。