纳米孔测序技术区分HLA基因分型模棱两可组合结果的探索

摘要

目的 利用纳米孔测序技术解决新一代测序技术(next generation sequencing, NGS)HLA基因分型中模棱两可组合问题。方法 收集本实验室NGS检测分型存在模棱两可组合的标本38例，采用相同的商品化NGS HLA分型试剂盒引物对HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DRB3/4/5、-DQA1、-DQB1、-DPA1和-DPB1位点进行特异性扩增后，实施三代测序建库并在纳米孔测序仪上测序，数据转换成Fastq文件并通过软件指定11个HLA位点基因分型结果。直接计数法统计模棱两可组合结果。结果 以第2域数字作为高分辨结果，三代测序技术(third generation sequencing, TGS)检测的38个标本11个HLA位点结果与NGS结果符合率为100%。TGS法检测HLA-A、-B、-C、-DRB3、-DRB4、-DQA1、-DPA1位点均为唯一性结果，对HLA-A、-B、-C和-DQA1位点模棱两可组合(均因NGS读长短致使定相困难而形成)的区分率为100%;HLA-DRB1、-DRB5、-DQB1和-DPB1位点的模棱两可组合中，TGS法对1号外显子未扩增导致的模棱两可组合的区分率为0%,对因NGS读长短导致的模棱两可组合的区分率为100%。结论 本项目利用纳米孔技术对11个HLA位点模棱两可组合进行区分研究，有效解决了NGS方法短读长引起的模棱两可组合问题，提高了HLA基因分型准确性。

关键词

HLA基因 / 模棱两可 / 二代测序 / 纳米孔测序技术 / 三代测序