绵羊血浆外泌体中miR-485-3p、miR-154-3p/5p基因簇生物信息学分析

摘要

该文以新吉细毛羊与小尾寒羊为研究对象。使用miRBase数据库、GO功能分析和KEGG通路富集分析等生物信息学方式对miR-485-3p、miR-154-3p/5p基因簇进行靶基因预测和分析。结果表明：miR-485-3p交集靶基因72个、miR-154-3p交集靶基因29个、miR-154-5p交集靶基因23个。GO功能分析与KEGG分析提示靶基因可与小蛋白偶联进行蛋白质修饰、和蛋白质泛素化以及细胞衰老、昼夜节律和NOD样受体通路相关；转录因子预测可知共同转录因子为235个；通过TF-miRNA-mRNA调控网络图可知，miR-485-3p、miR-154-3p和miR-154-5p基因簇上游转录因子和下游靶基因共同调控生物体过程；分析提示TRIM28、ZNF92和SPI1等转录因子在mRNA上游扩大miRNA基因簇强沉默功能，使oar-miR-485-3P、oar-miR-154-3p和oar-miR-154-5p通过靶基因DYRK1A参与细胞周期、细胞增殖和细胞凋亡从而影响羊毛纤维机制的表达。

关键词

绵羊 / 血浆外泌体 / miRNA / 基因簇 / 生物信息学