启动子的潜在语义索引差异识别算法

秦洋; 王立宏; 武栓虎; 宋宜斌

doi:10.13951/j.cnki.37-1213/n.2010.03.014

烟台大学学报（自然科学与工程版） ›› 2010, Vol. 23 ›› Issue (3) : 211 -216. DOI: 10.13951/j.cnki.37-1213/n.2010.03.014

启动子的潜在语义索引差异识别算法

秦洋, 王立宏, 武栓虎, 宋宜斌

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摘要

启动子是基因前面的一个短序列,定位启动子即能找到基因,因此启动子的识别具有重要意义.潜在语义索引差异模型(DLSI)能够扩大类间的差异,降低噪声的干扰,从而提高识别的精度.本文提出基于DLSI的启动子识别算法,利用潜在语义索引差异模型进行特征词选择,通过将样本变换到潜在语义空间中实现降维,建立了启动子-外显子、启动子-内含子分类器,把两分类器的串联结果作为最终的分类结果.实验验证了算法的有效性.