鹿角菜18S rDNA序列分析及其系统发生分析

刘玮; 李美真; 詹冬梅; 丁刚; 吴海一

doi:10.13951/j.cnki.37-1213/n.2011.01.004

烟台大学学报（自然科学与工程版） ›› 2011, Vol. 24 ›› Issue (1) : 48 -53. DOI: 10.13951/j.cnki.37-1213/n.2011.01.004

鹿角菜18S rDNA序列分析及其系统发生分析

刘玮, 李美真, 詹冬梅, 丁刚, 吴海一

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摘要

通过制备鹿角菜DNA,PCR扩增得到鹿角菜18S rDNA序列.测序拼接后全长1733bp,碱基A、T、C、G含量分别为25.45%、26.72%、26.72%、21.12%,序列已提交GeneBank登录号为GQ433994.该序列与NCBI数据库中其他褐藻18S rDNA序列比对后,得到可变碱基位点184个,简约信息位点161个,单碱基变化位点23个.转换碱基值Si为44,颠换碱基值Sv为30,转换颠换比值R约为1.5.NJ法构建的系统发生树显示18S rDNA在褐藻门中具有保守性,可用于辅助传统分类.PLACE数据库预测发现在鹿角菜18S rD-NA保守区有多个与水分胁迫、光诱导、Ca2+信号传导等相关转录元件,这表明18S rDNA可能参与细胞重要调控途径.