鲑科鱼类线粒体全基因组序列结构特征及其系统发育信息分析

李瑶瑶; 刘云国; 刘凌霄; 王敏强

doi:10.13951/j.cnki.37-1213/n.2016.04.007

烟台大学学报（自然科学与工程版） ›› 2016, Vol. 29 ›› Issue (4) : 271 -279. DOI: 10.13951/j.cnki.37-1213/n.2016.04.007

鲑科鱼类线粒体全基因组序列结构特征及其系统发育信息分析

李瑶瑶, 刘云国, 刘凌霄, 王敏强

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摘要

为了深入开展鲑科鱼类的线粒体全基因组序列的结构特征和系统发育信息的研究,利用生物信息学的方法分析了已获得的40种鲑科鱼类的线粒体全基因组序列.通过软件Clustal X进行对比,然后用软件MEGA5.05分析DNA的序列差异,并用邻接法生成系统进化树.结果发现:1)鲑科鱼类线粒体基因组的结构和基因排列顺序和其他硬骨鱼类的相同,其全长为16 526¹6 997 bp.2)从系统进化树可以看出白鲑亚科（Coregonidaeinae）位于祖先的位置,是最早出现分化的一枝,鲑亚科（Salmoninae）和茴鱼亚科（Thymallinae）亲缘关系较近,互为姐妹群.3)在所有编码基因中,序列变异程度最大的是ND2基因（47.6%）,最小的是16S rRNA基因（11.0）;Kimura双参数遗传距离最大的是ND2基因（0.203）,最小的是12S rRNA基因（0.037）.