基于NCBI核酸数据库资源的产黄青霉微卫星序列的筛选

李瑶瑶; 刘云国; 刘凌霄; 刘军; 张亮; 王敏强

doi:10.13951/j.cnki.37-1213/n.2017.03.004

烟台大学学报（自然科学与工程版） ›› 2017, Vol. 30 ›› Issue (3) : 191 -196+213. DOI: 10.13951/j.cnki.37-1213/n.2017.03.004

基于NCBI核酸数据库资源的产黄青霉微卫星序列的筛选

李瑶瑶, 刘云国, 刘凌霄, 刘军, 张亮, 王敏强

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摘要

利用生物信息学方法在产黄青霉基因组中筛选微卫星序列,并对其基因组中微卫星数量和丰度进行了研究.利用SSRHunter1.3软件在长度为30 090 464 bp的产黄青霉基因组中共找到163个微卫星序列.其中以两碱基重复类型数目最多,为133个,占重复序列总数目的 81.60%;其次是三碱基重复为29个,占17.79%;最后是四碱基1个,占0.61%.在两碱基重复序列中,AT(44.79%)重复类别最多,其次是AG(23.92%).在三碱基重复序列中,共发现9种重复类别,其中以AAG和ACT重复类型最多,为6个(3.68%),其次是ACC(2.45%),最少的是AGC(0.61%).四碱基重复中,只有1种重复类别,为ATGT(0.61%).同时选取二碱基的重复次数在7以上和三碱基的重复次数在6以上的微卫星序列,利用Primer Premier 5.0软件设计了引物,共得到30对引物.本研究不仅为后续产黄青霉微卫星标记的筛选奠定了基础,也丰富了其基因组学资源,对产黄青霉的种群遗传结构分析、分子标记选育和遗传多样性有重要意义.