绿鳍马面鲀全基因组微卫星分布特征

王九龙; 李洪莉; 尹硕; 胡振辉; 叶苗; 张盼盼

doi:10.13951/j.cnki.37-1213/n.210504

烟台大学学报（自然科学与工程版） ›› 2022, Vol. 35 ›› Issue (3) : 285 -293. DOI: 10.13951/j.cnki.37-1213/n.210504

绿鳍马面鲀全基因组微卫星分布特征

王九龙, 李洪莉, 尹硕, 胡振辉, 叶苗, 张盼盼

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摘要

根据NCBI数据库中公布的绿鳍马面鲀全基因组序列，利用MISA软件对绿鳍马面鲀全基因组的微卫星序列进行筛选和分析。结果如下：在绿鳍马面鲀全基因组约474.31 Mb序列中，共筛选出566 561个完整型微卫星，平均每837个碱基就有1个微卫星标记，微卫星出现的频率为1 195个/Mb。全部微卫星标记的重复序列总长度为13 754 954 bp,约占整个基因组序列的2.90%。二核苷酸重复类型的微卫星数量最多，所有重复单元类别中数量最多的为CA重复。微卫星数量与其所在染色体DNA序列长度呈显著的正相关关系(r=0.937),微卫星出现频率与其所在染色体DNA序列长度不相关(r=0.029)。本研究为进一步通过微卫星分子标记开展绿鳍马面鲀遗传多样性分析、遗传图谱构建以及经济性状与微卫星标记的关联分析等研究奠定了基础。