HBV衣壳蛋白变构调节剂与靶标的结合模式研究

摘要

目的 研究CAM-A和CAM-E两类衣壳蛋白变构调节剂(CpAMs)与靶标蛋白质的相互作用机制，为设计结构新颖的CpAMs提供理论依据。方法 选取RG7907和AB-506以及对应的共晶结构，运用Schr9dinger和PyMOL进行复合物的构象叠合和分子动力学模拟。结果与结论通过3D构象叠合发现，RG7907和AB-506在噻唑环和酯基，以及骨架位置存在显著差异，且AB-506有着更多且稳定的氢键作用。分子动力学模拟结果显示，由于RG7907占据更多的活性口袋，所以与靶标蛋白质的结合亲和力更强，而AB-506的氢键作用则增强了结合的稳定性。P-SSE差异分析表明，氢键作用有助于维持α-螺旋结构的稳定，推测两种CpAMs作用机制的不同与α-螺旋的稳定性相关。DCCM分析进一步指出，RG7907和AB-506结合各自的靶标蛋白质后，分别减弱和增强了残基的运动相关性，与它们的作用机制相吻合。本文作者通过解析两类CpAMs与靶标的结合模式，为开发新型HBV CpAMs提供新的视角和策略。

关键词

衣壳蛋白变构调节剂 / 作用机制 / 构象叠合 / 分子动力学模拟