结合分子对接、MD模拟和MM/PBSA自由能计算的虚拟筛选策略：寻找潜在抗肺纤维化VEGFR2抑制剂

摘要

目的 基于分子对接、分子动力学模拟和MM/PBSA自由能计算虚拟筛选技术，从中药中发现抗肺纤维化VEGFR2抑制剂。方法 采用LeDock对接程序对肺纤维化VEGFR2信号受体蛋白的多个共晶结构进行虚拟筛选方法学研究，发现1Y6B共晶结构对活性分子富集能力较强，利用此模型从中药系统药理学数据库与分析平台TCMSP中筛选出与VEGFR2蛋白结合能力较强，且符合类药性规则的5个活性化合物。结果 结合亲和力数据表明两个候选化合物MOL006504和MOL007136与受体蛋白有较强的相互作用。分子动力学模拟显示，两个化合物与蛋白受体均能稳定结合。MM/PBSA结合自由能计算显示，候选化合物与受体的结合自由能均与原配体相近，主要作用方式为范德华力、静电作用和表面溶剂化作用。结论 通过分子对接、分子动力学模拟及MM/PBSA自由能计算等技术，筛选得到两个化合物MOL006504和MOL007136,可与靶蛋白(VEGFR2)稳定结合，结合构象稳定性及能量特征分析结果表明，两个化合物展现出良好的VEGFR2抑制活性，为开发高效、低毒的抗肺纤维化药物提供了有益的探索与思路。

关键词

肺纤维化 / VEGFR2 / 分子对接 / 虚拟筛选 / 分子动力学模拟