基于分子动力学模拟的NLRP3炎症小体抑制剂的作用机制研究和MM/GBSA计算

摘要

目的 基于分子动力学模拟，探究NLRP3炎症小体抑制剂的作用机制，拓展NLRP3小分子抑制剂的化学结构、丰富结构类型，为分子设计提供理论指导。方法 在Schrodinger 2018软件包中，对文献报道的5个代表性NLRP3抑制剂(MCC950、GDC-2394、NP3-562、NP3-253和化合物29)依次进行分子对接、500 ns的分子动力学模拟和MM/GBSA自由能计算。结果与结论抑制剂分子与NLRP3 NACHT结构域中Arg578及Ala228残基形成氢键作用是其发挥抑制活性的关键，且具有一定结构刚性的化合物更有利于维持蛋白-抑制剂复合物整体构象的稳定性。

关键词

NLRP3 / 抑制剂 / 分子对接 / 动力学模拟 / MM/GBSA

基金资助

中国博士后科学基金面上项目(2024M760157); 国家自然科学基金青年项目(22307003)