生物信息分析验证基于lncRNA标签预测HPV阴性头颈部鳞状细胞癌患者总生存率

摘要

目的：采用生物信息分析方法研究影响HPV阴性头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者总生存率的相关因素，为HNSCC患者的预后预测及治疗提供依据。方法：从TCGA数据库获取HPV阴性HNSCC患者的病变组织和癌旁组织的原始RNA测序数据以及相应病人的临床信息，Survival R工具包对所有差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)进行单变量Cox回归分析，使用JAVA程序，利用MSigDB C2经典通路基因集集合进行基因集富集分析，采用LASSO方法的Cox回归对数据降维和模型构建，计算每个患者的风险评分。结果：研究发现153个lncRNA与HPV阴性HNSCC患者的总生存率显著相关，时间依赖性分析表明，13个lncRNA特征在训练集中具有良好的预测性能，多变量Cox回归和分层分析表明，基于13-lncRNA标签的风险评分可作为HPV阴性HNSCC患者的独立预后因素。结论：13-lncRNA标签可能是HPV阴性HNSCC预后的新型独立生物标志物。

关键词

头颈部鳞状细胞癌 / 长链非编码RNA / 人乳头瘤病毒 / 生存率 / 生物信息分析