整合分析构建基于增强子的非小细胞肺癌预后风险模型

摘要

目的：通过整合DNA甲基组数据和转录组数据构建基于增强子的非小细胞肺癌预后风险模型。方法：使用加权基因共表达网络分析（WGCNA）从甲基化差异位点的增强子中识别非小细胞肺癌相关基因。并基于转录组数据通过LASSO-Cox回归算法构建并验证预后风险模型。结果：基于非小细胞肺癌的DNA甲基组数据分析获得了19 784个差异甲基化位点，并对其分布模式进行了表征，其中包括6 089个差异甲基化增强子位点。WGCNA从这6 089个位点筛选出79个和非小细胞肺癌高度相关的增强子位点。基于转录组数据通过LASSO-Cox回归对79个增强子位点靶基因分析，构建10个基因的预后风险模型。在训练集和验证集中分析3年、5年和10年时间依赖的受试者工作特征曲线下面积（AUC）来评估预后风险模型。结果显示，训练集和验证集中的3年、5年和10年AUC均大于0.7。最后构建预测非小细胞肺癌患者3、5、10年生存情况的列线图。结论：本研究为理解增强子在非小细胞肺癌中的作用提供了新的见解，并具有通过指导个性化治疗决策来改善患者预后的潜力。

关键词

非小细胞肺癌 / 增强子 / 甲基化 / 加权基因共表达网络分析 / 预后

基金资助

国家自然科学基金（82127807）; 上海市分子影像学重点实验室建设项目（18DZ2260400）