利用TCGA数据库构建胃癌铁死亡相关LncRNA的预后模型

摘要

目的:通过筛选与胃癌铁死亡相关的长链非编码RNA(LncRNA),构建预后风险模型，协助评估胃癌患者预后。方法:在癌症基因数据库(The Cancer Genome Atlas TCGA)下载胃癌的转录组和临床数据，从NCBI网站获得103个铁死亡相关基因。采用R软件进行Kaplan-Meier(KM)生存分析和单因素COX回归分析筛选出关键的LncRNA,将临床样本按7∶3的比例随机分为训练集和验证集，利用多因素COX回归分析建立胃癌铁死亡相关LncRNA的预后模型。两组分别进行生存分析、风险曲线分析、单因素和多因素独立预后分析、多指标受试者操作特征(ROC)曲线的绘制及列线图分析，最后对训练集进行GSEA的KEGG分析。结果:单因素Cox回归分析得到13个LncRNA(LINC00106、TNFRSF10A-AS1、AC244153.1、AC005586.1、AP001318.2、MAGI2-AS3、AP001528.2、MSC-AS1、PVT1、AC037198.1、AC010719.1、HAGLR),经多因素回归分析筛选出5个胃癌铁死亡相关的LncRNA(AC005586.1、AP001318.2、AP001528.2、AC010719.1、HAGLR),训练集和验证集构建的预后模型趋势一致，且ROC评估风险模型的预测能力大于其他临床指标。构建的5个LncRNA列线图，预测1年、2年、3年校准曲线也基本和45°的对角线重合，模型预测性能良好。结论:LncRNA AC005586.1、AP001318.2、AP001528.2、AC010719.1、HAGLR胃癌铁死亡相关LncRNA可有效预测胃癌患者的预后。

关键词

胃癌 / 铁死亡 / 长链非编码RNA / 预后风险模型

基金资助

国家自然科学基金青年基金(82203851);; 四川省科技厅省院省校合作项目(2023YFSY0045);; 四川省自然科学基金(2023NSFSC0731)