长沙地区养殖场利奈唑胺耐药肠球菌的流行及基因组特征

摘要

为了解湖南省长沙地区养殖场肠球菌的耐药情况，采集猪、牛、鸡和鹌鹑的肛拭子、粪便及环境样本共596份，进行肠球菌分离和质谱鉴定。采用琼脂扩散法测定菌株对10种抗菌药物的最小抑菌浓度(MIC),并通过全基因组测序(WGS)分析多位点序列分型(ST)、耐药基因及毒力基因的分布情况。结果显示，共分离出272株肠球菌，分离率为45.6%。分离菌株对头孢西丁和头孢噻呋耐药率最高(68.9%和58.5%),其次是甲氧苄啶/磺胺甲恶唑(52.2%),而对万古霉素的耐药率最低(4.4%)。值得注意的是，对利奈唑胺的耐药率达13.6%,由于该药物禁用于养殖业，因此，本研究着重对所获得的6株利奈唑胺高度耐药肠球菌进行全基因组测序分析以探索其耐药传播机制。结果显示，ST型最多的为ST403(4/6),均来源于同一猪场，其余的ST型还有ST16(1/6)和ST476(1/6);共检测到21种耐药基因，其中3种恶唑烷酮类耐药基因(cfr、poxtA和optrA)均被发现，其中1株(Ecc60)同时携带这3种基因，但这3种基因均未位于质粒上，此外，tet(M)、aph(3′)-Ⅲ和lsa(A)在6株肠球菌中均被发现。值得注意的是，本研究首次在鹌鹑粪便样本中检测到携带optrA基因的肠球菌。对恶唑烷酮类耐药基因的遗传环境分析发现，来源于同一养殖场的菌株，其cfr(D)、poxtA和optrA的遗传环境有较高相似性。在6株菌中共发现19种毒力基因，其中12种毒力基因(ElrA、SrtA、ace、agg、cCF10、cOB1、cad、camE、ebpA、ebpC、efaAfs、tpx)在6株菌中均有携带，且相同养殖场菌株的毒力基因种类高度相似。结果表明，长沙地区养殖场肠球菌耐药性较为严重，且对禁用于养殖业的利奈唑胺耐药率较高，恶唑烷酮类耐药基因位点附近伴随着其他耐药基因同时出现，尤其是氟苯尼考药物的耐药基因(FexA),可能与养殖场滥用氟苯尼考相关。本研究为肠球菌耐药性监测及防控提供了重要数据支持。

关键词

肠球菌 / 利奈唑胺 / 耐药性 / 全基因组测序