基于全基因组测序的某生猪屠宰场金黄色葡萄球菌交叉污染与耐药性传播风险分析

摘要

为了解某生猪屠宰场中不同环节间金黄色葡萄球菌的交叉感染风险和遗传演化规律，从基因组水平为生猪屠宰过程中金黄色葡萄球菌污染进行风险评估及防控提供参考，选择某屠宰场分离并保存的31株金黄色葡萄球菌进行全基因组测序，并进行了生物信息学分析，探究了该屠宰场金黄色葡萄球菌分离株基因组特征以及遗传进化关系。结果显示，不同屠宰环节存在交叉污染，主要以ST398-t1451为主，毒性最强的ST9-t899型和携带耐药基因较多的ST398-t11型金黄色葡萄球菌在屠宰场的不同环节均有检出；菌株携带毒力基因主要以hlgA、hlgB和hlgC为主，不同菌株携带耐药基因数量差异较大，此外还发现了2株携带optrA基因和3株携带cfr基因的金黄色葡萄球菌，尤其是optrA基因在金黄色葡萄球菌中是较为罕见的，这些基因能使其对新型的合成抗菌药物恶唑烷酮类和氟苯尼考类药物产生耐药性，且具备通过基因水平转移的能力，增加了在屠宰场内外传播的风险。尤为重要的是，在屠宰场水样中检出了1株可能传染给人的LA-MRSA-ST9型金黄色葡萄球菌。提示屠宰场的工人在日常操作中应采取更严格的防护措施，以减少职业暴露和感染风险。

关键词

金黄色葡萄球菌 / 全基因组测序 / 交叉污染 / 耐药性传播 / 猪 / 屠宰场