1株柯乐猪源ST-4263型肺炎克雷伯菌的分离鉴定及全基因组分析

摘要

采用16S rRNA测序、全基因组测序以及药敏试验的方法对分离菌进行分子生物学鉴定，并对其毒力基因、耐药基因和耐药情况进行检测与分析。16S rRNA序列分析结果显示，分离株与肺炎克雷伯菌X4具有高度同源性，位于同一分支上，将柯乐猪源肺炎克雷伯菌命名为KLKp10;全基因组测序结果显示，KLKp10基因组全长5 342 841 bp,包含5 138个基因、346个重复区段、6个rRNA和81个tRNA,GC含量为57.30%;MLST分析显示，KLKp10属于ST-4263型；在编码蛋白的基因中，有4 097个基因的功能得到COG分类注释，另外还有382个功能未知的基因。基于GO数据库的注释结果，共涉及到50种功能分类；根据KEGG数据库的信号通路注释，共涵盖33个种类的信号通路；在VFDB数据库中共筛选出443个毒力基因，其中339个属于SetA数据库，可编码124个毒力因子。通过与CARD数据库对比，预测到101个耐药基因，其中抗β-内酰胺类抗生素的耐药基因较多；药敏试验结果显示，KLKp10对头孢他啶、庆大霉素、阿奇霉素、氯霉素、诺氟沙星、氧氟沙星及恩诺沙星高度敏感；对头孢曲松、新霉素、卡那霉素及链霉素中度敏感，对环丙沙星、四环素、阿莫西林以及青霉素耐药。结过表明，本试验较为系统地揭示了柯乐猪源肺炎克雷伯菌KLKp10的全基因组特征、毒力因子和耐药性，为肺炎克雷伯菌基因组整体水平的研究提供了重要的数据支撑。

关键词

肺炎克雷伯菌 / 全基因测序 / 毒力因子 / 耐药基因

基金资助

2023年度贵州省基础研究计划资助项目(黔科合基础-ZK[2023]一般105); 贵州省生态家禽产业技术体系建设资助项目(GZSTJQCYJSTX-04); 贵州省科技成果转化资助项目(黔科合成果[2024]一般104号); 贵州省科学技术基金资助项目(黔科合基础-ZK[2023]一般106号)