1株羊源沙门菌全基因组序列测定与生物信息学分析

摘要

为了解羊源沙门菌基因组特征，本研究应用细菌分离鉴定、生化鉴定、致病性试验、全基因组测序及BLAST比对、整合性接合元件（ICE）ICEfinder筛选和EasyFig比较、质粒Brig比较等方法对沙门菌的基因组特征进行了分析。结果显示，从病羊鼻拭子中分离出1株两端钝圆、散在或成对存在的革兰阴性无芽孢杆菌，其在TSA绵羊血琼脂培养基上呈现灰白色、表面光滑、边缘整齐的圆形小菌落；在XLT-4琼脂培养基上呈现表面光滑的白色圆形菌落。该菌16S rRNA鉴定及生化鉴定为沙门菌。该菌引起豚鼠肠道出血，并致其在48 h内死亡，具有很强的致病性。全基因组序列比对显示该菌与沙门菌diarizonae亚种61:k:1,5,（7）血清型具有高度的同源性。ICE筛选比对结果显示，该菌含有一种新的ICE,这种ICE具有基本遗传结构，分别包含整合剪切模块、移动加工模块、接合对形成模块和调节模块，且含有同一整合酶的不同菌种ICE均具有同一反向重复序列和插入位点tRNA^Phe。质粒同源比对显示沙门菌diarizonae亚种61:k:1,5,（7）血清型不同菌株质粒序列也具有高度同源性，该菌质粒与其他沙门菌菌株和大肠杆菌菌株质粒序列的同源性却仅有50%。结果表明，该分离菌株为沙门菌diarizonae亚种61:k:1,5,（7）血清型菌株，该菌株含有一种新的ICE,还含有一种质粒。该研究进一步丰富了沙门菌的分子流行病学，为该菌感染的防治提供了理论依据。

关键词

绵羊 / 沙门菌 / 全基因组测序 / 整合性接合元件 / 质粒 / 生物信息学