基于生物信息学探讨刚地弓形虫ROP16_Ⅱ效应分子对NR8383细胞转录组的影响

摘要

提取对照组（ME49-EP）和过表达组（ME49-ROP16）细胞总RNA进行反转录合成cDNA,经过扩增、热变性、环化、滚环复制后通过使用BGISEQ平台对每个合格的文库进行高通量测序。将测序数据按照一定阈值筛选出对照组和过表达组总差异表达基因，并对总差异表达基因进行聚类分析、KEGG（Kyoto encyclopedia of genes and genomes）分析、GO（gene ontology）分析及关键驱动基因（key driver gene analysis, KDA）分析，按照筛选条件，筛选出6个差异基因进行qRT-PCR和Western blot验证。数据分析结果显示，对照组和过表达组一共筛选出166个差异表达基因，其中有82个差异基因上调，84个差异基因下调，qRT-PCR和Western blot验证结果显示，与RNA-Seq结果数据一致，表明RNA-Seq结果可靠；GO分析结果显示，对照组和过表达组差异表达基因主要与细胞因子、免疫应答相关；KEGG富集结果显示，差异表达基因主要参与了与免疫应答、细胞因子相关的通路，包括IL-17 Signaling Pathway、TNF Signaling Pathway、Chemokine Signaling Pathway、Cytokine-Cytokine Receptor Interaction及Toll-like Receptor Signaling Pathway,并对这几条通路中显著富集的21个差异表达基因进行聚类及KDA分析，筛选出10个关键驱动基因，分别是CXCL2、Lcn2、IL-1β、IL-6、Mmp9、Csf3、TLR2、Nfkbia、Spp1、TLR3;qRT-PCR和Western blot验证结果表明，与对照组相比，IL-1β、IL-6、TLR2、CXCL1、TLR3、CXCL2 mRNA和蛋白表达量均显著增高（P<0.05）。刚地弓形虫ROP16_Ⅱ效应分子作用于大鼠肺泡巨噬细胞NR8383后，其关键驱动基因CXCL2、Lcn2、IL-1β、IL-6、Mmp9、Csf3、TLR2、Nfkbia、Spp1、TLR3可能发挥了一定的作用。

关键词

刚地弓形虫 / RNA-Seq / 关键驱动基因