奶牛乳腺炎相关lncRNAs的鉴定与功能生物信息学解析

摘要

旨在系统解析奶牛乳腺组织在金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,SA)和无乳链球菌(S.agalactiae,SC)感染前后长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的差异表达谱及其分子调控机制。选取健康荷斯坦奶牛建立NC对照组、SA感染组及SC感染组，通过组织病理学确认乳腺炎模型后，采集3组乳腺组织样本进行转录组测序。筛选出试验组发生差异表达的lncRNAs,经qRT-PCR验证筛选出3个差异表达的lncRNAs,通过RACE技术成功克隆出全长序列并开展系统性分子特征分析，进一步利用RNAhybrid预测互作miRNAs构建lncRNAs作为ceRNA的调控网络，后续使用Targetscan预测miRNAs的靶基因，采用GO和KEGG数据库对预测得到的靶基因进行功能注释和通路分析。结果显示，这3个lncRNAs显著富集于PI3K-Akt信号通路、mTOR信号通路、MAPK等炎症相关信号通路，推断这3个lncRNAs可能对奶牛患乳腺炎相关过程具有重要的调控作用。本研究揭示了乳腺炎相关lncRNAs的分子特征及病原特异性感染调控差异，为解析乳腺炎表观遗传机制提供新依据，也为开发lncRNA标记物早期诊断技术奠定理论基础。

关键词

奶牛乳腺炎 / 长链非编码RNA / 生物信息学分析