1株G3P[13]型猪轮状病毒的分离鉴定及全基因组序列分析

摘要

为了解河北省猪轮状病毒（porcine rotavirus, PoRV）的基因组特征和遗传变异规律，应用RT-PCR方法对采自河北省定州市某规模化猪场共11份临床腹泻样本进行了检测，并将鉴定为PoRV阳性的样品以胰蛋白酶处理后，接种于非洲绿猴肾细胞（MA-104）并传代，同时采用间接免疫荧光（IFA）和透射电镜对分离毒株进行鉴定，利用病毒增殖曲线分析分离毒株在MA-104细胞的生长动力学并对PoRV进行全基因组测序及遗传变异分析。结果显示，11份样品中有2份为PoRV阳性，分离后经RT-PCR、IFA和透射电镜鉴定得到1株PoRV,命名为SQ-23。病毒增殖曲线显示SQ-23株在48 h达到最高滴度10^5.62 TCID₅₀/mL。全基因组遗传进化分析结果显示，SQ-23株基因组全长为18 439 bp,基因型组合为G3-P[13]-I5-R1-C1-M1-A8-N1-T1-E1-H1,11段基因与最相似参考毒株的核苷酸序列的同源性均大于96%;该毒株的VP1～3、VP4、VP6、VP7、NSP2和NSP4基因与猪源毒株同源性最高；NSP1和NSP3基因与人源毒株同源性最高；NSP5基因与牛源毒株同源性最高。SQ-23株的VP7和VP4与市售NX疫苗株的中和抗原表位分别存在22和17处氨基酸位点差异。结果表明，本研究分离株SQ-23可能是通过猪、牛及人轮状病毒之间多次基因重组或重配形成的三元新毒株，其VP4和VP7与NX疫苗株在中和抗原表位处的氨基酸差异，可能与疫苗不能对免疫动物提供完全保护有关。本研究为轮状病毒跨物种传播相关研究提供了理论依据，为PoRV新型高效疫苗的研发和有效防控提供了基础性帮助。

关键词

猪轮状病毒 / G3P[13]型 / VP7 / VP6 / VP4 / 分离鉴定 / 遗传变异分析