2023-2024年四川省生猪核心育种场PRRSV的遗传变异分析

摘要

为了解2023-2024年猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)在四川生猪核心育种猪群中的遗传变异情况，本研究采用实时荧光定量PCR(qPCR)技术，对采自四川省生猪核心育种猪场的3 723份临床样本进行了PRRSV病原学检测，并对扩增的PRRSV NSP2和ORF5基因序列进行了遗传变异及重组分析。结果显示，PRRSV总体阳性率为2.47%(92/3723),场阳性率为36.36%(4/11),且2024年PRRSV的场阳性率从2023年的36.36%(4/11)下降至18.18%(2/11)。对PRRSV的NSP2和ORF5基因的测序分析结果表明，获得的19条NSP2和ORF5基因序列中，89.47%(17/19)的NSP2序列与四川省参考毒株同源性最高，19株NSP2基因序列间的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为79%～100%和75.6%～100%;19株ORF5基因核苷酸与氨基酸同源性分别为82.3%～100%和82%～100%。进化分析结果显示，2023-2024年四川省PRRSV的主要流行谱系是谱系1;重组分析发现9次重组事件，涉及内线系和间线系重组，主要以谱系1内重组为主。谱系1的NSP2基因核苷酸和氨基酸遗传距离高于同基因型其他谱系，变异能力更强；谱系5中3个毒株与美国株PRR715665-S8-L001仅存在4～6个氨基酸位点突变，可能存在引种传入。ORF5基因的突变位点主要集中在HVR1和HVR2以及信号肽区，且NADC30类毒株关键区域存在大量氨基酸替换，可能是影响疫苗免疫效果的主要原因之一。本研究系统调查了PRRSV在四川地区核心生猪育种场中流行情况和遗传变异特征，为PRRSV的精准防控施策提供了重要数据支持。

关键词

猪繁殖与呼吸综合征病毒 / NSP2基因 / ORF5基因 / 分子生物学 / 基因重组

基金资助

四川省科技计划重点研发资助项目(2023YFN0021)