基于生物信息学筛选并验证上皮性卵巢癌差异microRNA及下游mRNA

摘要

目的：利用生物信息学对上皮性卵巢癌（EOC）的差异microRNA及其靶基因进行筛选及分析，探索EOC诊断及预后相关的潜在生物标志物。方法：本研究首先从GEO数据库（gene expression omnibus database）筛选符合条件的数据集，用limma包筛选差异microRNAs，用在线miRNet、TargetScanHuman、miRDB预测其下游靶基因，并利用WEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit数据库对靶基因进行GO和KEGG富集分析。最后用GEPIA2数据库对关键基因的表达与患者进展之间的关系进行分析。结果：经过筛选后，从GEO数据库获得8个microRNAs，与对照组相比，hsa-miR-4328、hsa-miR-450b-5p在EOC中表达上调，hsa-miR-3616-3p、hsa-miR-4283、hsa-miR-1208、hsa-miR-3180-3p、hsa-miR-617和hsa-miR-1207-3p在EOC中表达下调。通过3个在线网站获取差异microRNAs对应的下游靶基因，主要涉及biological regulation,membrane-enclosed lumen,protein binding等过程，主要富集于phosphatidylinositol signaling system,neurotrophin signaling pathway等信号通路。利用GEPIA2发现高表达MLLT6[HR(high)=1.3]、TIAM2[HR(high)=1.3]的EOC患者较低表达患者的生存率低（P<0.05）。还发现MLLT6、MSI1、PKMYT1、PLAGL2、ZNF514、FBXW7、GLCCI1、MFSD6、OCRL、PIP4K2B、SLC6A9与EOC疾病分期相关。通过RT-qPCR检测，发现与正常卵巢组织相比，MLLT6在EOC组织表达下调（Z=-2.602,P<0.05），其上游的hsa-miR-450b-5p在EOC组织中的表达上调（Z=-3.071,P<0.05）。结论：MLLT6可能与EOC的发生发展密切相关，且可作为提示EOC预后的指标之一；hsa-miR-450b-5p/MLLT6可能为提示EOC的生物指标。

关键词

上皮性卵巢癌 / microRNA / GEO / 生物信息学