基于Label-free技术的肝癌相关抗原KTN1蛋白质组学研究

摘要

目的：鉴定肝癌相关抗原KTN1相互作用蛋白，旨在筛选出与KTN1相结合的重要蛋白，为进一步研究KTN1在肝细胞癌（HCC）中发挥生物学功能的机制提供实验依据。方法：选取HCC细胞株Huh7、HepG2和正常肝细胞株WRL68为实验对象。RIPA法提取各组细胞的总蛋白，考马斯亮蓝染色鉴定蛋白质提取效果，Co-IP实验下拉KTN1蛋白结合蛋白并用Western blotting和蛋白质银染鉴定下拉效果。利用label-free技术对下拉蛋白质进行鉴定，采用ProteinPilot软件分析质谱的结果，采用Skyline软件对蛋白质进行定性和定量分析。利用生物信息学数据库对富集的蛋白质进行GO功能注释和KEGG通路注释分析。结果：考马斯亮蓝染色显示3种细胞的蛋白条带清晰可见。Western blotting和蛋白质银染鉴定Co-IP实验下拉的蛋白中可见KTN1蛋白条带，各组Co-IP富集后均可见10个以上的条带，而阴性对照IgG的泳道则没有蛋白条带或者极少的蛋白条带。Label-free技术共鉴定出29种KTN1结合蛋白，其中H2B1L、IGHG2、VSXL2、RS18、H32、SHRM3、CALL5、SIK3等8种蛋白仅在HCC细胞系Huh7样本中检出。GO分析显示Huh7细胞株中下拉20种KTN1结合蛋白富集于14个生物过程、11个细胞组分和7种分子功能。KEGG通路注释显示这20种蛋白主要富集于Alcoholism和Systemic lupus erythematosus两个通路。结论：在肝细胞癌株Huh7中鉴定出了20种KTN1蛋白结合蛋白，其中H2B1L、IGHG2、VSXL2可能共同参与了KTN1在HCC中的生物学作用。

关键词

肝细胞癌 / KTN1 / 免疫共沉淀 / 相互作用蛋白