HIV-1感染长期不进展者外周血单个核细胞中的环状RNA表达谱

摘要

目的：了解HIV-1感染的长期不进展者（LTNP）和典型进展者（TP）外周血单个核细胞（PBMC）中的环状RNA(circRNA)表达谱，探究circRNA对HIV-1感染发病机制的潜在作用。方法：分别采集3例LTNP和TP的血液样本，分离PBMCs进行circRNA测序，通过edgeR鉴定差异表达的circRNA，并对这些差异表达的circRNA亲本基因进行GO和KEGG功能分析。使用生物信息学工具构建circRNA-miRNA-mRNA相互作用网络，并利用外部数据对下游调控的基因进行验证。结果：两组共鉴定出155个差异表达的circRNA,LTNP中大多数circRNA表达下调。GO和KEGG富集分析显示，20种途径可能与HIV-1感染长期非进展有关，包括自然杀伤细胞介导的细胞毒性途径。circRNA-miRNA-mRNA相互作用网络包括14个circRNA,17个miRNA和129个mRNA，另一个数据集验证了下游15个mRNA的差异表达，可能被circRNA调控的基因主要包括FOXP4、GP6、C9orf116等。在circRNA-miRNA-mRNA互作网络中，circRNA＿chr1:39804878|39808198和circRNA＿chr18:44701174|44703102可能通过充当miRNA海绵调节其靶基因NUML和Cav-1的表达影响HIV疾病进展。结论：与TP相比，LTNP的PBMC中大多数circRNA表达下调，circRNA亲本基因主要富集在与HIV感染相关的炎症和免疫途径上；circRNA还可以通过充当miRNA的海绵参与HIV疾病进展的调节，这为研究HIV疾病进展的机制提供了新的方向。

关键词

HIV-1 / 环状RNA / 长期不进展者 / 表达谱