m⁷G甲基化相关基因与HIV-INR患者免疫特征的关联性研究

摘要

目的：探讨N7-位鸟苷（m⁷G）甲基化相关基因在HIV-1无免疫应答患者（HIV-INR）体内的变化及其与免疫功能的相关性。方法：基于多个GEO数据集，利用R语言软件包识别出m⁷G甲基化相关差异基因（DMGs），利用广义线性模型（GLM）和支持向量机（SVM）以及列线图模型预测特征基因，与患者单样本基因集富集分析（ssGSEA）免疫细胞浸润进行相关性分析。共识聚类对差异基因等进行m⁷G聚类亚型分析，亚型之间的差异基因构建GO和KEGG富集通路等。结果：最佳模型SVM筛选出特征基因EIF3D和SNUPN，且与HIV-INR患者的免疫功能具有较强相关性。患者m⁷G聚类可以分为a、b两个亚型，亚型之间的m⁷G评分等存在显著差异，其上调、下调基因所富集的通路不同，与心肌缺血等严重非艾滋病事件相关。结论：m⁷G甲基化特征基因EIF3D、SNUPN的模型预测结果对HIV-INR患者的预后具有重要价值，可能是应对患者长期高效抗逆转录病毒治疗（HAART）下免疫反应障碍的新靶点。

关键词

HIV-1 / m⁷G甲基化 / 诊断 / 共识聚类

基金资助

国家自然科学基金资助项目（No.82060366）; 广西自然科学基金资助项目（No.2018GXNSFAA050099）