基于3个微血管侵犯相关lncRNA的肝细胞癌预后模型的构建

摘要

目的：构建与肝细胞癌（HCC）微血管侵犯（MVI）相关的长链非编码RNA(lncRNA)预后风险模型，筛选关键MVImRNA。方法：基于TCGA-LIHC数据库获得转录组数据，提取MVI-mRNA，通过相关性分析和单因素Cox分析获得预后相关的MVI-lncRNA，多因素Cox分析筛选变量构建相关风险模型。采用Kaplan-Meier分析、单因素和多因素Cox分析、受试者工作特征（ROC）曲线及主成分分析（PCA）对风险模型进行评估。按照高、低风险分组对34个HCC-MVI-mRNA进行差异分析，并进行GO、KEGG富集分析。采用RNA-seq和RT-qPCR验证HCC患者癌组织和癌旁组织中MVI-mRNA。结果：共鉴定了9种预后相关的MVI-lncRNA，通过3个MVI高度相关lncRNA:AC129492.1、NRAV、AC099850.3构建了具有预后价值的MVI-lncRNA风险模型。高风险组总生存期（OS）短于低风险组（P<0.05）。ROC结果表明风险评分（AUC=0.819,95%CI:1.576～2.250）比临床因素更准确地预测患者的生存。按高、低风险分组对MVI-mRNA进行差异表达分析，筛选出18个关键差异表达基因（DEG）,GO、KEGG富集分析显示，HCC的MVI主要与小分子分解代谢和核苷酸的代谢通路相关。AASS和GLYAT在HCC中显著低表达，TYMS高表达（P<0.05）。结论：本研究建立的MVI-lncRNA模型可用于预测HCC预后，MVI相关基因TYMS、AASS和GLYAT在HCC组织中差异表达。

关键词

肝细胞癌 / 微血管侵袭 / 预后模型

基金资助

国家自然科学基金资助项目（No.82273103;No.81872491）; 区域性高发肿瘤早期防治研究教育部重点实验室/广西重点实验室自主课题资助项目（No.GKE-ZZ202127;No.ZZ202007;No.GKE2019-09）