基于NGS与TGS技术的HIV-1近全长基因组亚型与突变差异分析

摘要

目的：比较第二代测序（next-generation sequencing,NGS）和第三代测序（third-generation sequencing,TGS）技术在HIV-1亚型判定、耐药与高低频突变识别中的异同。方法：纳入50例广西地区新报告的HIV-1感染者，采用NGS及TGS技术对近全长基因组进行测序，利用相应的在线平台与软件开展HIV-1亚型判定、耐药位点识别及突变频率解析，运用第一代测序技术验证NGS和TGS中亚型及耐药不一致结果。结果：两种测序技术在亚型判定上具有良好的一致性（Cohen's Kappa=0.900,P<0.001），其中5例样本在NGS和TGS中均被判定为亚型不明确以及2例样本亚型判定不一致，主要为低水平流行或重组亚型。TGS多识别1例NNRIT耐药相关的V179E及V106I突变位点，并在复杂耐药突变组合识别上表现更优。两者所识别的核苷酸突变中不同频率的累计位点数分布存在差异（χ²=3 771.87,P<0.001）。NGS累计检测出18 367个变异位点（频率≥5%），以≥80%的超高频突变为主（84.1%），而TGS则累计检出28 120个频率≥5%的变异位点，超高频突变占58.1%，在5%～60%突变频率范围TGS识别的突变位点数量均多于NGS。亚型判定一致与不一致或不明确样本中，两种测序技术所检出的不同突变频率累计位点数总体分布均存在差异（χ²=3 106.93,P<0.001；χ²=717.26,P<0.001）。结论：两种测序方法在HIV-1亚型判定方面结果一致，TGS在复杂耐药位点、低频突变的识别上具有更高的灵敏度，NGS在检测超高频突变具有更稳定的优势。

关键词

人类免疫缺陷病毒1型 / 近全长基因 / 第二代测序 / 第三代测序 / 亚型判定 / 耐药突变 / 核苷酸突变 / 突变频率