东极黑猪群体遗传结构分析及利用

摘要

东极黑猪是在我国东北部发现的一种新黑猪群体，试验旨在了解东极黑猪群体结构和遗传多样性，以期更好地保护和利用东极黑猪遗传资源。通过50k SNP芯片研究426头东极黑猪进行遗传多样性、亲缘关系和家系结构，同时加入20头大白猪及20头民猪数据开展主成分分析（Principal component analysis,PCA）。结果表明，东极黑猪57 466个SNPs中有47 389个SNPs通过质检；PCA结果显示，3个群体分别聚类，东极黑猪与另外两个猪种区分明显；东极黑猪群体中部分个体遗传关系较近，状态同源（Identity by state,IBS）遗传距离为0.097 7～0.358 9，平均值为0.275 2；连续性纯合片段（Runs of homozygosity,ROH）分析发现该群体平均ROH为317.3 Mb，主要分布在200～300 Mb，群体平均近交系数（FROH）为0.133，说明存在近交情况。根据基因组亲缘关系和聚类分析结果，可将东极黑猪群体分为15个家系。综合分析表明，东极黑猪群体遗传多样性丰富，品种独特，但存在近交，建议引入新血统以防遗传多样性丢失。

关键词

东极黑猪 / SNP芯片 / 亲缘关系 / 近交 / 家系