Hi-GLMM的应用对提高疾病性状基因组关联分析检测效率的影响

徐亚楠; 杨理昂; 杨润清; 李淑玲

doi:10.19720/j.cnki.issn.1005-9369.2024.08.021

东北农业大学学报 ›› 2024, Vol. 55 ›› Issue (08) : 208 -221. DOI: 10.19720/j.cnki.issn.1005-9369.2024.08.021

Hi-GLMM的应用对提高疾病性状基因组关联分析检测效率的影响

徐亚楠, 杨理昂, 杨润清, 李淑玲

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摘要

为降低计算复杂度，研究提出一种基于广义线性混合模型新型简化算法——分层广义线性混合模型（Hi-GLMM）。采用基因组最佳线性无偏预测方法（GBLUP）对正态基因组变量估计，获得基因组估计育种值（GEBVs），通过广义最小二乘方法在全基因组范围内逐个关联检验每个标记的加性效应。模拟与实际结果表明：Hi-GLMM可有效控制统计错误，提高二分类性状基因检测效率，并成功检测到与多种疾病显著相关的遗传位点。