马口鱼性别鉴定SNP标记开发

摘要

马口鱼（Opsariichthys bidens）是东亚地区广泛分布的鲤科鱼类，因其肉质鲜美和高经济价值而成为重要的养殖物种。然而，由于环境污染和过度捕捞，野生种群数量急剧下降，使得养殖成为维持其种群数量的关键手段。马口鱼雄鱼体型更大且体色更鲜艳，全雄化养殖可有效提高产量和经济效益，但在发育早期雌雄鱼没有明显的外部形态差异，因此性别鉴定在马口鱼养殖中具有重要意义。本研究旨在开发一种基于重测序技术的快速、高效的马口鱼性别鉴定标记。通过对比雌雄马口鱼基因组的注释信息，发现雌性基因组中存在更多的重复序列和杂合性，这可能与XX/XY性别决定系统有关。利用BSA技术，本研究从雌雄马口鱼基因组混池中筛选出大量与性别相关的SNP和Indel位点。通过PCR扩增和Sanger测序验证，成功开发出一个性别相关的SNP标记，该标记在雄性个体中为杂合，而在雌性个体中为纯合，且位于基因组的外显子区域。本研究不仅为马口鱼的性别鉴定提供了一种新的分子工具，而且对于理解马口鱼性别决定机制和促进其养殖产业的发展具有重要意义。

关键词

马口鱼 / 基因组注释 / 重测序 / 性别鉴定标记