基于生物信息学筛选HIV感染诊断和治疗潜在标志物及验证

摘要

目的 利用生物信息学方法分析HIV感染筛查诊断和治疗潜在标志物。方法 整合GSE199911、GSE143942和GSE140650数据集，利用GEO2R在线分析工具分析HIV感染患者外周血单核细胞中差异表达基因、差异甲基化基因和差异表达miRNA,并采用韦恩分析进行筛选；运用Metascape软件分别对进行GO功能和KEGG通路富集分析；采用RT-qPCR和甲基化特异性PCR进行验证。结果 HIV感染患者外周血单核细胞中低表达高甲基化的基因包括EFHC2、PAK3、VSIG1、DGKK和TSPAN6。HIV感染患者外周血单核细胞中高表达低甲基化的基因包括USP18、KIF4A、CENPI、LY6E、SLC38A5、SH2D1A和PARP9;共筛选出12个HIV感染患者外周血单核细胞中高表达且靶向低表达高甲基化基因的miRNA以及6个HIV感染患者外周血单核细胞中低表达且靶向高表达低甲基化基因的miRNA。结论 HIV感染后差异表达和甲基化的基因以及靶向它们的miRNA可作为HIV感染筛查诊断和治疗潜在标志物。

关键词

GEO数据库 / HIV感染 / DNA甲基化 / 微小RNA / 生物信息学