基于生物信息学分析TMED3在肝细胞肝癌中表达及临床意义

摘要

目的 利用生物信息学方法分析TMED3在肝细胞肝癌(HCC)中表达、临床意义及调节的相关基因。方法 利用GEPIA分析HCC中TMED3表达及其表达与患者生存率间关系；利用GEO2R在线分析工具分析差异表达基因，并运用Metascape软件对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析；通过韦恩分析筛选GSE88772、GSE25097和GSE84402数据集中差异表达基因的共享基因并用GEPIA进行分析；RT-qPCR方法检测沉默TMED3对HCC细胞中共享基因ASPA、GGT5、MAMDC2、DCN和C3P1表达的影响。结果 TMED3在HCC组织中高表达，其高表达患者总生存期和无病生存期低。敲减TMED3后的HCC细胞中79个基因上调，63个基因下调。上调基因的功能主要富集在运动负调控和水解酶活性负调控等生物学进程；下调基因的功能主要富集在过氧化氢代谢过程、细胞间黏附及离子转运等生物学进程；信号通路主要与类风湿关节炎、造血细胞和细胞黏附分子有关。差异表达基因中ASPA、GGT5、MAMDC2、DCN和C3P1可能与HCC相关。沉默TMED3降低HCC细胞中ASPA和GGT5 mRNA表达水平，增加细胞中MAMDC2、DCN和C3P1 mRNA表达水平。结论 TMED3在HCC中高表达且与HCC预后关系密切，可作为肝细胞癌诊断及靶向治疗的潜在靶点。

关键词

GEO数据库 / TMED3 / 肝细胞肝癌 / 差异表达基因 / 生物信息学