构建铁死亡相关的lncRNAs预测肝细胞癌预后模型

摘要

目的 通过铁死亡相关lncRNAs差异基因构建反映肝细胞(hepatocellular carcinoma, HCC)患者生存情况的预后模型。方法 我们从TCGA和FerrDb数据库中收集了与铁死亡相关的lncRNA表达谱以及临床病理情况。通过对总生存期(overall survival, OS)的共表达分析，研究铁死亡相关lncRNAs与HCC患者生存的关系。利用Cox回归分析和LASSO算法，构建22个差异表达的lncRNAs的预后模型。结果 Kaplan-Meier分析显示，高风险的lncRNAs谱与HCC的不良预后有关。我们的风险评估模型在预测HCC的预后方面优于传统的临床数据。GSEA揭示了高风险组和低风险组个体的免疫和肿瘤相关通路。此外，TCGA显示T细胞功能，包括B细胞、细胞溶解、巨噬细胞、MHC-I类、肥大细胞、中性粒细胞、NK细胞、辅助T细胞、Ⅰ型-IFN和Ⅱ型-IFN,在高危组和低危组之间有明显差异。免疫检查点如TNFSF18、IDO2、CD276、NRP1和TNFSF4在两个风险组之间也有不同表达。选取MIR4435-2HG、SNHG4、PRRT3-AS1和PTOV1-AS1在肝癌细胞中进行验证，结果显示这四个基因在肝癌细胞中的表达上调。结论 我们的研究结果有望为HCC诊断、靶向治疗及预后评估提供新的研究方向。

关键词

铁死亡 / 长链非编码RNA / 生物信息学 / 肝细胞癌 / 预后模型