生物信息学方法解析食管鳞状细胞癌中的配体-受体相互作用图谱和预后影响

摘要

目的 探讨食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma, ESCC)中肿瘤微环境(tumor microenvironment, TME)的作用及关键的LR对及其对预后的影响，以深入理解ESCC的预后机制。方法 基于TCGA-ESCC数据集，通过对单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing, scRNA-seq)数据的分析，研究了ESCC样本中的关键基因表达和细胞类型相互作用。研究基于16种LR的表达，将79个ESCC样本分为两组，并通过Lasso分析识别出关键基因。进一步，本研究通过分析GSE154763数据集，揭示了ESCC的细胞类型和相互作用。结果 通过Lasso分析，识别出IL1A、LAMA3、TMEM45A和IGF2BP2四个关键基因，这些基因对ESCC生存有显著影响，并据此构建了有效的预后模型。通过进一步分析GSE154763数据集，鉴定出19个簇和10种细胞类型，发现4种细胞群体在ESCC与正常组织中的表达差异显著。结论 本研究通过分析单细胞RNA和TCGA-ESCC数据，揭示了ESCC中关键的LR和细胞亚群。我们构建的基于四个基因的预后模型显示出优异的预测能力，为ESCC的治疗提供了新的生物标志物和潜在治疗靶点。

关键词

食管鳞状细胞癌 / 配体 / 受体 / 单细胞RNA测序 / 细胞通讯 / 预后

基金资助

河南省自然科学基金(202300410394); 新疆建设兵团财政科技规划项目,河南省科学技术厅(212102310203); 河南省卫生健康委员会创新人才“杰出青年”项目(JQRC2023017)