结直肠癌失巢凋亡相关基因的生物信息学筛选及构建预后模型

摘要

目的 基于生物信息学探索失巢凋亡相关基因（anoikis-related genes, ANRGs）在结直肠癌（colorectal cancer, CRC）中的预后价值，并构建了基于ANRGs的预后模型。方法 利用GeneCard和Harmonizome整合了515个ANRGs。首先从TCGA数据库获得CRC的mRNA表达数据，并利用“Limma”包获得ANRGs,采用单因素Cox回归筛选出与总生存期有关的ANRGs,再采用LASSO回归和多因素Cox回归构建ANRGs的预后模型。最后用ROC曲线分析来评估模型的预测性能，并使用GSE76427数据集进行验证。进一步分析风险评分与肿瘤免疫微环境相关性。将风险评分与临床病理特征相结合，建立基于ANRGs的列线图来预测总生存期。决策曲线分析法（decision curve analysis, DCA）评估列线图的效能。结果 我们鉴定了102个与生存相关的CRC的ANRGs,并且选择了6个基因来构建预后风险评分模型。训练集(AUC_max=0.725)和验证集(AUC_max=0.629)证明该模型对患者的预后显示出较好的预测性能，预后风险评分被确定为独立的预后因素。功能分析表明，高危组和低危组具有不同的免疫浸润状态。DCA分析表明列线图可以从临床治疗策略中获益。结论 本研究建立了一个由6个ANRGs组成的CRC预后模型，可以帮助临床医师为CRC患者选择个性化治疗提供重要参考价值。

关键词

生物信息学 / 失巢凋亡 / 结直肠癌 / 预后模型

基金资助

国家自然科学基金(31900038)