结直肠癌蛋白质组学分析及其应用

摘要

目的 基于LC-MS/MS非标记定量蛋白质组学分析结直肠癌(colorectal cancer, CRC)差异蛋白并筛选与CRC发生相关的关键通路。方法 采用LC-MS/MS对3例CRC患者肿瘤组织和癌旁正常组织的蛋白质组进行定量分析，筛选差异蛋白。通过生物信息学分析筛选与CRC发生发展密切相关的候选蛋白并验证。通过TCGA分析筛选CRC潜在标志物。结果 蛋白质组学分析共鉴定了4 257个蛋白，差异蛋白544个，显著上调蛋白446个，显著下调蛋白98个。基于GO富集分析及KEGG通路分析，发现与RNA和DNA功能相关的蛋白通过调控基因表达和细胞增殖参与了CRC的发生发展。基于此筛选RNA功能相关差异蛋白为候选蛋白：PRPF19、HNRNPM、UTP18、RCL1、RPL3、EIF5、NCBP2、NOP58、RANBP2,随后在另外5例CRC患者肿瘤组织和癌旁组织上进行了表达验证。成功验证出NCBP2、PRPF19、HNRNPM在CRC中表达显著增加，且NCBP2表达水平与患者总体生存率呈负相关。结论 本研究筛选了在CRC发生发展过程中具有潜在重要作用的3个差异蛋白，有望作为CRC诊断和治疗的靶标。

关键词

定量蛋白质组学 / 结直肠癌 / 生物标志物 / NCBP2