结直肠癌淋巴结转移后肝转移的关键基因鉴定

摘要

目的 基于生物信息学分析，鉴定并验证结直肠癌(colorectal cancer, CRC)从原发肿瘤到淋巴结转移和肝转移过程中参与的关键基因。方法 下载GEO数据库的单细胞RNA测序数据，通过聚类、伪时间轨迹、开关基因等生物信息学方法鉴定关键基因，并通过TCGA数据库和GEO其他数据集进行验证。最后，从8例Ⅳ期CRC手术患者的配对的原发肿瘤组织、淋巴结转移组织、肝转移组织和10例无转移患者的原发肿瘤组织中共收集34份组织样本进行临床验证。结果 从GSE97693数据集中下载1 066个来自原发肿瘤组织、淋巴结转移组织、肝转移组织的细胞样本的单细胞RNA测序数据。伪时间轨迹模拟肿瘤的转移进展过程，共获得主要参与细胞迁移和趋化、NF-κB信号转导和Wnt信号通路的289个开关基因，鉴定出3个关键基因：APOE、FBXL12、MSLN。TCGA数据库、GSE14297数据集证实，在肝转移过程中MSLN表达上调。采用免疫组化方法对34例临床标本进行免疫组化处理。按样本来源分组。与其他三组比较，肝转移组MSLN表达水平显著升高(P<0.05)。结论 MSLN、APOE、FBXL12是结直肠癌转移进展重新的关键基因，是潜在的治疗靶点，MSLN可能是淋巴结转移后肝转移的“开启”基因。

关键词

结直肠癌 / 单细胞RNA测序 / 转移 / 预后 / 免疫组织化学