基于两样本孟德尔随机化方法探究miRNA与慢性萎缩性胃炎因果关系

摘要

目的 采用两样本孟德尔随机化方法分析miRNA与慢性萎缩性胃炎（chronic atrophic gastritis, CAG）因果关系，并通过生物信息学挑选CAG的诊断性生物标志物。方法 利用76种miRNA和CAG相关结局的全基因组关联研究的总结性数据，全面揭示miRNA与CAG之间的因果关联。采用两样本孟德尔随机化（Mendelian randomization, MR）设计，并通过逆方差加权、MR-Egger和加权中位数估算因果效应。随后进行全面的敏感性分析，包括Cochran Q检验、MR-Egger截距检验、MR-PRESSO和留一法分析，以验证结果的稳健性。并通过Mirwalk数据库预测miRNA的核心靶基因并进行功能富集分析，利用ROC曲线、列线图挑选最具诊断价值的核心基因。结果 IVW法分析结果显示，hsa-miR-130a-3p与CAG之间呈负相关（OR=0.721,95%CI:0.527～0.987,P=0.041）;而hsa-miR-204-5p与CAG之间(OR=1.406,95%CI:1.025～1.367,P=4.18×10^-5)、hsa-miR-339-5p与CAG之间呈正相关（OR=1.184,95%CI:1.195～1.656,P=0.021）;GO和KEGG富集分析表明核心靶基因主要和细胞的脂质分解代谢、脂肪酸代谢过程以及碳水化合物的消化和吸收通路有关。通过ROC曲线和列线图模型预测了5个与CAG诊断相关的核心基因，分别为SLC5A1、SLC26A3、CYP27A1、HSD17B4、SLC2A5,其中SLC2A5的诊断价值最高。结论 hsa-miR-130a-3p、hsa-miR-204-5p、hsa-miR-339-5p的基因调控表达可能与CAG的发生有因果关系，SLC2A5等5个基因可能是CAG的诊断性生物标志物。

关键词

慢性萎缩性胃炎 / miRNA / 孟德尔随机化 / 因果关系

基金资助

国家自然科学基金项目(82360959); 广西中医药大学青年基金项目(2023QN011);广西中医药大学区级博士研究生教育创新计划项目(YCBZ2023154)