西宁市越冬夜栖乌鸦粪便宏病毒组分析

摘要

为了解西宁市越冬夜栖乌鸦群体携带病毒的本底情况，以市区冬季夜栖秃鼻乌鸦、大嘴乌鸦和小嘴乌鸦的新鲜粪便为试验材料，利用宏病毒组学测序技术分析乌鸦粪便病毒的组成、丰度和基因功能。结果表明：共鉴定出7 411条DNA病毒contigs和224条RNA病毒contigs。在数量前10的DNA病毒contigs中注释到9个病毒科，在数量前5的RNA病毒contigs中注释到4个病毒科，涵盖了植物、脊椎动物、节肢动物和原生动物等来源的病毒及噬菌体。从DNA病毒contigs和RNA病毒contigs中分别预测出9 226个基因和111个基因。基因数量最多的前5个功能类别分别是遗传信息处理、复制和修复、信号传导和细胞过程、核苷酸代谢和氨基酸代谢。研究结果可为深入探究病毒进化及跨物种传播规律提供数据参考。

关键词

乌鸦 / 粪便 / 病毒 / 宏病毒组 / 宏基因组