化州柚叶绿体基因组及其结构分析

黄琼林; 陈依虹; 吴民富; 叶晓霞; 谭靖怡; 吴民华

doi:10.13938/j.issn.1007-1431.20240006

中国南方果树 ›› 2025, Vol. 54 ›› Issue (01) : 1 -8. DOI: 10.13938/j.issn.1007-1431.20240006

化州柚叶绿体基因组及其结构分析

黄琼林, 陈依虹, 吴民富, 叶晓霞, 谭靖怡, 吴民华

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摘要

采用高通量测序技术对化州柚Citrus grandis‘Tomentosa’叶绿体基因组进行测序，使用生物信息学方法对其进行组装、注释以及解析。结果显示，化州柚叶绿体基因组为160 139 bp的环状双链四分体，由87 733 bp的大单拷贝区、18 410 bp的小单拷贝区以及穿插两者之间的两个26 998 bp的反向重复区构成，含有133个基因。化州柚叶绿体基因组共有26 244个密码子，其中以A/T碱基结尾的密码子居多；在检测到的104个简单重复序列(SSR)中，以A/T碱基的单核苷酸重复基序为主。化州柚等柑橘属植物叶绿体基因组的单拷贝区/反向重复区边界构成和全序列相似度较高，变异碱基主要分布在trnS-trnG、petN-psbM、psbC-trnS、trnT-trnL、accd-psaI、petA-psbJ、rps3-rpl22、ndhF-rpl32、ccsA-psaC和ycf1等基因间隔区或基因。系统进化分析显示化州柚与同属植物柚、甜橙的叶绿体基因组同源性最高。