火龙果叶绿体基因组结构与序列分析

吴民富; 李莎; 谭艺涵; 罗林; 吴民华; 黄琼林

doi:10.13938/j.issn.1007-1431.20240090

中国南方果树 ›› 2025, Vol. 54 ›› Issue (02) : 103 -107+113. DOI: 10.13938/j.issn.1007-1431.20240090

火龙果叶绿体基因组结构与序列分析

吴民富, 李莎, 谭艺涵, 罗林, 吴民华, 黄琼林

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摘要

为解析火龙果Selenicereus undatus叶绿体基因组结构和序列特征，并探讨其系统进化关系，运用高通量测序技术开展火龙果叶绿体基因组测序，使用生物学信息技术对其组装和注释，分析其密码子偏好性、简单重复序列、与近缘物种间序列变异的关系，并构建系统进化树。结果表明，火龙果叶绿体基因组133 071 bp,呈环状双链四段式结构，包括大单拷贝区(LSC)68 001 bp,小单拷贝区(SSC)21 716 bp和两个12 477 bp的反向重复区(IR)。火龙果叶绿体基因组共注释到基因118个，其中蛋白编码基因76个，rRNA基因4个、tRNA基因38个。火龙果叶绿体基因组密码子偏好以A/U(T)结尾，在检测到的66个简单重复序列(SSR)中，大多数是A/T碱基形成的单核苷酸重复基序。序列对比和系统进化分析显示，火龙果与同科的硫磺团扇和长枪团扇具有较近的亲缘关系。本研究首次测得火龙果叶绿体基因组全序列，明确其叶绿体基因组结构和序列特征，为火龙果的种植栽培和资源开发等研究提供了基因组信息。