肝细胞癌中与m⁶A相关的lncRNAs挖掘及DACH1在其预后的免疫特性

摘要

探讨N6-甲基腺嘌呤（N6-methyladenosine, m⁶A）修饰相关长链非编码RNA（Long non-coding RNA,LncRNA）及细胞命运决定因子1（Dachshund homolog1,DACH1）对肝细胞癌（Hepatocellular carcinoma, HCC）预后及免疫浸润的影响.运用生物信息学方法构建DACH1与m⁶A相关LncRNAs的风险模型、进行了聚类分析、免疫浸润和肿瘤微环境（Tumor micro-environment, TME）分析、评估了风险评分及临床相关性.研究结果表明，有56个与m⁶A相关的LncRNAs参与了肝细胞癌（Hepatocellular Carcinoma, HCC）的进展，通过单、多因素及LASSO回归分析，最终筛选出11个与DACH1表达最相关的m⁶A相关联LncRNAs,包括：AC027097.1、LINC01138、LINC01224、DDX11-AS1、MKLN1-AS、AL031985.3、AC098484.1、AL158166.1、POLH-AS1、WAC-AS1和NRAV,这些LncRNAs与免疫细胞浸润有密切相关；进一步的RT-qPCR、WB和IHC实验结果显示，HCC细胞中DACH1的mRNA表达显著低于正常肝细胞；而正常肝细胞和肝组织中的DACH1蛋白表达水平明显高于HCC细胞；此外，用5-aza-2dc（甲基化抑制剂）处理HCC细胞后，细胞迁移距离显著缩短，提示DACH1去甲基化后，可能影响其抑癌功能.本研究通过生物信息学分析和实验验证发现了11个与DACH1表达相关的m⁶A修饰LncRNAs,并且DACH1在HCC发生、发展及免疫浸润中扮演了关键的抑癌角色，为HCC的早期诊断及临床预后提供了理论依据.

关键词

肝细胞癌 / m⁶A / 长链非编码RNA / DACH1 / 免疫微环境