肝细胞癌组织核孔蛋白85(NUP85)高表达与免疫细胞浸润及预后相关性分析

摘要

目的 探究核孔蛋白85(NUP85)在肝细胞癌(HCC)中的表达意义及免疫相关性分析。方法 综合利用多种在线数据库分析NUP85在HCC中的mRNA表达、蛋白表达以及突变情况，并进行预后诊断价值分析；采用单细胞测序数据及肿瘤免疫评估资源(TIMER)和基因表达谱交互作用分析2021(GEPIA2021)数据库分析NUP85的免疫相关性；利用基因组癌症分析(GSCA)和临床生信之家分析NUP85的药物敏感性；通过肝细胞癌综合分子数据库(HCCDB)筛选NUP85在HCC中的共表达基因，并利用R语言“limma包”分析NUP85及其相关基因的相关性；再利用R语言“clusterProfiler包”分析NUP85及其相关基因的基因本体论(GO)功能注释、京都基因与基因组百科全书(KEGG)以及基因集富集分析(GSEA);利用临床生信之家对NUP85及其相关基因进行列线图和预后风险评分模型的构建。结果 NUP85的mRNA和蛋白质在HCC中表达上调，在不同分期和分级均高表达，不利于患者预后；而其在HCC样本中突变率是19%,显著影响患者的总生存期(OS)、疾病特异性生存(DSS)以及无进展生存(PFS),且其在巨噬细胞、 B细胞、 T细胞等多种免疫细胞中高表达并与多种免疫细胞浸润水平呈正相关；此外，NUP85的表达与米尔达美替尼(PD0325901)、维莫非尼的结构类似物(PLX4720)和瑞法替尼(PD0325901)等多用药物具有显著相关性。NUP85及其共表达基因的GO功能主要富集在细胞器裂变、核分裂和染色体分离等，KEGG通路主要富集在细胞周期和运动蛋白等，并显著不利于HCC患者OS,且对HCC患者1年、 3年和5年OS预后诊断的ROC曲线下面积AUC均大于0.7。结论 NUP85高表达HCC患者预后差，并与多种免疫细胞和药物相关，可作为HCC诊断、治疗和预后的生物标志物。

关键词

核孔蛋白85(NUP85) / 肝细胞癌 / 单细胞分析 / 免疫浸润 / 生物信息学