梨亚科5个属S-RNase基因的序列特征及进化分析

梁文杰, 谢志亮, 乌云塔娜

doi:10.13925/j.cnki.gsxb.20240585

果树学报 ›› 2025, Vol. 42 ›› Issue (3) : 462 -475. DOI: 10.13925/j.cnki.gsxb.20240585

梨亚科5个属S-RNase基因的序列特征及进化分析

梁文杰, 谢志亮, 乌云塔娜

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摘要

【目的】分析梨亚科5个属S-RNase基因序列特征及其进化规律。【方法】收集GenBank数据库中5个属S-RNase基因CDS全长、大于330 bp的外显子片段以及内含子序列，剔除重复序列后，利用MEGA11软件对其进行序列和多态性分析，并利用多序列比对结果构建系统进化树；计算S-RNase基因RSCU值，以欧式平方距离作为基因间进化距离进行聚类分析。利用MEGA11软件计算梨亚科5个属S-RNase基因序列碱基组成及密码子使用偏好。【结果】GenBank数据库中剔除重复序列后，共收录梨亚科5个属S-RNase基因CDS全长序列90条，长度范围为678～711 bp；大于330 bp的外显子片段序列有140条。梨亚科5个属S-RNase基因序列各区域分析表明：C2-HV、C4-C5、C5-和HV区存在较多的共性特征；编码区、内含子、密码子使用偏好聚类的进化树均没有明显种和属的界限。S-RNase基因3个位置的碱基含量均呈现A+T大于C+G,HV区3个位置CG分布较为一致。【结论】梨亚科5个属S-RNase基因除了HV区，C2-HV、C4-C5和C5-也具备参与S位点识别的可能性。同时，梨亚科5个属S-RNase基因的分化早于5个属的分化时间且SRNase基因密码子存在一定的偏好。