基于多重长PCR靶向捕获测序技术的高同源SNP鉴定

王决恒, 周宇荀, 李凯, 肖君华

doi:10.19886/j.cnki.dhdz.2021.0679

东华大学学报（自然科学版） ›› 2024, Vol. 50 ›› Issue (01) : 163 -170. DOI: 10.19886/j.cnki.dhdz.2021.0679

基于多重长PCR靶向捕获测序技术的高同源SNP鉴定

王决恒, 周宇荀, 李凯, 肖君华

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摘要

为建立一种高同源区段的单核苷酸多态性(SNP)基因分型技术，通过构建本地Blast对SNP所在的200和400 bp区段进行同源性评估，并筛选出高同源区段的SNP。利用第一轮多重长PCR(polymerase chain reaction)捕获329个样本的9个高同源区段SNP所在的长片段，使用纯化后的第一轮PCR产物作为模板进行扩增子建库测序，检测样本共得2 928个SNP位点信息，测序成功率高达98.885 6%。利用Hardy-Weinberg(HWE)法则计算试验研究的9个高同源区段SNP位点的基因频率(p值均大于0.05,符合HWE法则),并与NCBI(national center for biotechnology information)中千人基因组数据库中获取的基因频率相比对，发现二者单碱基基因频率一致(误差限<0.15)。研究表明，利用多重长PCR靶向捕获技术结合二代测序技术为高同源区段的SNP分型提供一个准确、快速、大样本检测方案。