基于连接酶链式反应的EML4-ALK融合基因分型检测

钱丽君, 胡珊珊, 肖君华, 李凯, 周宇荀

doi:10.19886/j.cnki.dhdz.2023.0140

东华大学学报（自然科学版） ›› 2024, Vol. 50 ›› Issue (05) : 69 -77. DOI: 10.19886/j.cnki.dhdz.2023.0140

基于连接酶链式反应的EML4-ALK融合基因分型检测

钱丽君, 胡珊珊, 肖君华, 李凯, 周宇荀

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摘要

针对棘皮动物微管相关蛋白样4-间变性淋巴瘤激酶(EML4-ALK)融合基因变异体V1、V2、V3a、V3b设计引物、探针，优化连接探针长度及其浓度，建立基于连接酶链式反应的qPCR法检测方案，并对该方案的特异性、检出限、抗干扰性进行验证。结果表明：基于连接酶链式反应的qPCR法能对EML4-ALK融合基因进行有效分型；连接探针长度在30 nt(nucleotide)时检测灵敏度、特异性最高；连接探针终浓度在0.1～1.0 nmol/L较为合适；设计的引物、探针特异性好，只扩增靶RNA,对其他RNA无扩增；对EML4-ALK融合基因变异体V1、V2的检出限为10 copies/μL,变异体V3a、V3b的检出限为100 copies/μL;在EML4-ALK融合基因RNA标准品检测过程中加入100 ng的肺癌样本RNA作为干扰，检测结果未受到明显干扰。