贵州乌蒙大草原一种蚯蚓的多基因鉴定

摘要

对采自六盘水乌蒙大草原的蚯蚓标本进行RNA提取，通过转录组测序，获取样品线粒体COI、COⅡ、12S rRNA、16S rRNA、ND1基因序列，分基因下载GenBank中参考同源序列，使用分子系统发育学研究方法对其物种进行初步的分子鉴定。结果表明，基于线粒体COI、ND1、12S rRNA基因序列构建的系统发育树均支持自测序列与红林蚓同源序列聚为一个支系。该支系内部序列间遗传距离远小于物种间遗传距离，判定为红林蚓（Bimastos rubidus）。基于线粒体COⅡ及16S rRNA的系统发育分析，其分子鉴定效果弱于COI、ND1、12S rRNA分子标记片段。同时，单基因构建的系统发育树中，红林蚓与其他物种的聚类关系互有差别，暗示在解决高阶系统发育关系问题中，联合基因标记可能优于单个基因标记。研究使用转录组测序方法，一次性获取样品的多个基因分子标记序列，既解决了样品的分子鉴定问题，也为后续解决高阶系统发育关系问题提供了基础数据。

关键词

乌蒙大草原 / 蚯蚓 / 分子鉴定 / 多基因 / 单倍型

基金资助

国家自然科学基金“贵州高原瘰螈属、拟小鲵属物种多样性与谱系地理学研究”(31360512); 六盘水市科技局科技支撑项目“北盘江流域蚯蚓资源遗传多样性研究”(52020-2024-0-2-17); 六盘水市蚯蚓资源开发与利用重点实验室(52020-2024-PT-03); 大学生科研训练计划项目“纳雍县一种蚯蚓的多基因鉴定”(2024DK223)